A Akatsuki (do kanji 暁, literalmente significa "madrugada" ou "alvorecer") é uma organização criminosa composta por criminosos Rank-S e é o grupo mais procurado em todo o mundo shinobi. Eles têm como objetivo principal coletar todos os nove bijuus, para assim, controlarem o mundo. Apesar de durante a primeira parte do anime (fase Clássica) a organização ter uma pequena participação, ela se torna a antagonista principal na segunda parte (fase Shippuuden).

A organização da Akatsuki é composta por um máximo de dez membros primários, todos os quais foram criminosos Rank-S em suas respectivas aldeias. Os membros semprem trabalham em duplas, com exceção de Zetsu, que funciona como um espião da organizaçãoo, e usufruiem de suas habilidades únicas para manter sua equipe em vantagem. As duplas devem se entender muito bem, ou pelo menos o necessário para realizar suas tarefas. A organizaçã

o raramente se reunem, como visto no final da primeira parte, quando um membro diz que era a primeira vez em sete anos quando eles estavam todos juntos.

A Akatsuki é muito difundida, abrangendo vários países, com agentes em vários lugares. Quando uma equipe/dupla encontra um Bijuu, eles começam o trabalho de selamento da besta que são feitas em um de esconderijos que estão sempre recheados com muitas armadilhas, prontas para pegar os intrusos indesejados. O selamento começa quando todo s os membros de projetam no esconderijo e assim se inicia um Jutsu que leva três dias para ser realizado.