Toda série quadrinizada, quando passa das revistas para a televisão, recebe algumas modificações para se adaptar melhor ao novo tipo de mídia. O caso de Naruto não foi diferente – existem várias diferenças entre o anime e o mangá. Normalmente, essas adaptações não interferem muito no enredo original da HQ e não ferem o propósito final do autor. Às vezes, existem apenas para intercalar acontecimentos ou estender momentos de humor ou emoção, e nem chegam a ocupar muito tempo da animação. Contudo, Naruto também exibe episódios inteiramente fora do que foi mostrado nos mangás (os chamados filler), criando, inclusive, novos personagens, jutsus, kekkei genkai, etc.